Год постройки: 1956
Закрыт: 2019 (в связи с переездом в новое здание храма)
Деревянная
Приход в городе Бабаево сменил несколько мест, прежде чем администрацией города было передано деревянное здание бывшего пошивочного цеха КБО.
Одним из зданий, использовавшимся под храм, было строение расположенное на пересечении ул. Советской и Красного Октября (в 2013 году здание было снесено).
До того, как в Бабаево появился постоянный священник, сюда приезжали служить священнослужители из Спасо-Прилуцкого монастыря. В том числе и игумен Гурий (Чезлов).
Так как в начале 90-х народ массово шел креститься здание, приспособленное под храм, уже не смогло вмещать всех желающих. В 1991 году администрация города приняло решение выделить для нужд верующих более просторное помещение - бывший пошивочный цех КБО. По факту здание было передано только в 1993 году и требовало капитального ремонта.
Еще в начале 1992 года в Бабаево был переведен священник Георгий Носенко, который стал первым настоятелем прихода за все время существования города.
Переданное здание было поделено вдоль на две равные части. Таким образом в храме планировалось сделать два придела. В 1993 году были завезены необходимые материалы и рабочие приступили к ремонту левого придела. И уже Пасху в 1994 году прихожане отмечали в новом храме. Чин малого освящения совершил благочинный Череповецкого округа протоиерей Александр Куликов. Престол был освящен в честь святителя Николая Чудотворца.
Второй придел был сделан в 1995-96 гг. уже при новом настоятеле священнике Алексии Алине и был посвящен святым Первоверховным апостолам Петру и Павлу. Отец Алексий был штатным священником Воскресенского собора города Череповца и приезжал только на воскресные и праздничные службы.
В 2002 году для Бабаевского храма был рукоположен Анатолий Даренин, который и стал новым настоятелем. Отец Анатолий прослужил в этом храме 10 лет до своей скоропостижной кончины 26 июня 2012 года.
Два месяца приход был без настоятеля. 14 августа в Спасо-Прилуцком монастыре для Петропавловского храма в сан священника был рукоположен клирик Воскресенского собора диакон Димитрий Малинкин. В сентябре новый настоятель приступил к своим обязанностям.
В течении 2013 года в храме были заменены все окна. В январе 2015 года был начат капитальный ремонт правого придела. Был заменен и утеплен пол. Так же утеплены стены. Сделан новый потолок и электрика.
В течении 2017 года был сделан новый иконостас.
В 2019 году, в связи с тем, что был построен храм в честь преподобного Гурия Шалочского, здание Петропавловского храма стало использоваться в качестве Воскресной школы.