Епископ Флавиан (Максим Валериевич Митрофанов) родился 17 ноября 1975 года в городе Саратове в православной семье. С детских лет посещал храмы Саратова. С 13 лет пел и читал на клиросе.
По окончании средней школы в 1992 году поступил на исторический факультет Саратовского Государственного Университета, обучение в котором завершил в 1997 году с присуждением квалификации «Историк, Преподаватель истории».
С сентября 1994 года по август 1996 года преподаватель Закона Божия в 10-11 классах православной гимназии при Саратовском Государственном Университете.
В 1994 году поступил в Саратовскую духовную семинарию, окончил полный курс которой в 1997 году.
31 декабря 1995 года архиепископом Саратовским и Вольским Александром (Тимофеевым) в Духосошественском соборе Саратова рукоположен в сан диакона.
13 апреля 1997 года архиепископом Саратовским и Вольским Александром (Тимофеевым) в Духосошественском соборе рукоположен в сан иерея, и назначен штатным священником того же собора.
С 1997 года преподаватель Саратовской духовной семинарии по дисциплинам: «Общецерковная История», «История Русской Церкви», «История России». В том же году поступил в Московскую духовную академию на сектор заочного обучения.
С 17 сентября 1998 года по 27 ноября 2000 года — штатный священник Архиерейского крестового храма во имя иконы Божией Матери «Утоли моя печали».
В 1999 году назначен заведующим сектором заочного обучения и секретарем Совета Саратовской духовной семинарии.
В 2000 году назначен Архиепископом Саратовским и Вольским Александром (Тимофеевым) проректором по учебной работе Саратовской духовной семинарии с введением в состав епархиального совета Саратовской епархии.
С 27 сентября 2000 года по 2 мая 2001 года — штатный клирик Свято-Троицкого кафедрального собора Саратова.
С 2 мая 2001 года — штатный клирик Духосошественского кафедрального собора Саратова.
В 2002 году окончил Московскую духовную академию с присвоением ученой степени кандидата богословия за диссертацию на тему: «Жанр Святочного рассказа в русской литературе 19-го века».
В 2004 году назначен председателем Епархиальной комиссии по канонизации подвижников благочестия Саратовской епархии.
В ноябре 2007 года председателем Отдела внешних церковных связей Московского Патриархата митрополитом Смоленским и Калининградским Кириллом направлен в распоряжение управляющего Сурожской епархии епископа Богородского Елисея (Ганабы).
С 1 декабря 2007 года — штатный клирик Успенского Кафедрального собора Сурожской епархии.
В 2009 году принимал участие в организации прихода Сурожской епархии в городе Кингстон-апон-Халл (включён в состав Сурожской епархии решением Священного Синода от 31 мая 2010 года и служил в Покровском ставропигиальном храме в Манчестере.
В 2010 году назначен председателем Отдела религиозного образования и молодёжной работы Сурожской епархии.
16-18 ноября 2010 года принимал участие в работе IV Всецерковного Съезда епархиальных миссионеров Русской Православной Церкви.
25 апреля 2011 года в понедельник Светлой седмицы архиепископом Елисеем (Ганабой) возведен в сан протоиерея.
В середине 2013 году назначен главой отдела по работе с Координационным Советом соотечественников в Великобритании.
30 ноября 2013 года на Епархиальном собрании Сурожской епархии введён в состав Епархиального совета Сурожской епархии.
28 марта 2014 года принял участие в организации Первого Молодёжного форума стран СНГ в Лондоне.
14 августа 2014 года принят в клир Вологодской епархии. В воскресенье 17 августа совершил последнюю литургию в Успенском кафедральном соборе.
19 августа 2014 года епископом Вологодским и Великоустюжским Игнатием пострижен в монашество с именем Флавиан в честь святителя Флавиана патриарха Константинопольского, исповедника (2 марта н./ст.)
19 августа 2014 года назначен благочинным приходов Череповецкого округа Вологодской епархии и настоятелем храма Рождества Христова в Череповце.
19 августа 2014 года назначен проректором по научной работе Вологодского духовного училища.
25 августа 2014 года назначен председателем Отдела религиозного образования и катехизации Вологодской епархии.
23 октября 2014 года решением Священного Синода Русской православной церкви избран епископом Череповецким и Белозерским.
25 октября 2014 года, по благословению Патриарха Московского и всея Руси Кирилла, епископом Вологодским и Кирилловским Игнатием (Депутатовым) был возведён в сан архимандрита.
11 ноября 2014 года в крестовом храме в честь Владимирской иконы Божией Матери Патриаршей резиденции в Чистом переулке города Москвы состоялось наречение архимандрита Флавиана во епископа Череповецкого и Белозерского.
23 ноября 2014 года рукоположен во епископа Череповецкого и Белозерского.